建安九年（204年），曹操攻克邺城，领冀州牧。有人对曹操说：“宜复古置九州，则冀州所制者广大，天下服矣。”曹操将要从之，荀彧却反对，曹操从之。
当时，荀攸为曹操谋主，荀彧与荀攸分主内外，都是地位显贵。荀彧将所赐之物皆散给族人和朋友，家无余财。曹操还将安阳公主许荀彧长子荀恽为妻。
建安十年（205年），河东叛乱，曹操让荀彧举荐贤才，荀彧曰：“西平太守京兆杜畿，勇足以当难，智足以应变”。曹操遂让杜畿为河东太守。杜畿到任后，平定叛乱，广施仁政，在任十六年，政绩获誉天下第一。
建安十二年（207年）三月，增荀彧食邑千户，前后共计二千户。还要授以三公（当时以太尉、司徒、司空为三公）之职，荀彧使荀攸推辞十几次才作罢。
建安十三年（208年），曹操准备讨伐刘表，问计于荀彧，荀彧说：“今华夏己平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意”。曹操南征，八月，刘表病死，曹操遂得荆州。
建安十七年（212年），曹操欲进爵国公、加封九锡（九锡是古代帝王对大臣的九种赏赐，有车马、衣服、乐器、武士、弓矢等，这是对大臣的最高礼遇）。荀彧认为：“（曹公）本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实；君子爱人以德，不宜如此”，因此惹怒了曹操。
同年，曹操征孙权，让荀彧到谯县劳军，荀彧到达以后，曹操乘机把他留在军中。封荀彧为侍中、光禄大夫，持节，参丞相军事。曹操军至濡须，荀彧因病留在寿春（今安徽寿县），不久忧虑而死（关于荀彧的死，史书上还有这样的说法：当时曹操赠送食物给荀彧，荀彧打开食器，见器中空无一物，因此被迫服毒自尽[15]），时年五十岁。谥号敬侯。其子荀恽嗣，后官至虎贲中郎将。[17]次年，曹操进封魏公。
咸熙二年（265年），追赠荀彧为太尉。
荀彧作为曹操统一北方的首席谋臣和功臣，被称为“王佐之才”。他居中持重达十数年，处理军国事务，被敬称为“荀令君”。他在建计、密谋、匡弼、举人多有建树，被曹操称为“吾之子房”。
荀彧在战略方面为曹操规划制定了统一北方的蓝图和军事路线，曾多次修正曹操的战略方针，而得到曹操的赞赏，包括“深根固本以制天下”、“迎奉天子”等；战术方面，他曾面对吕布叛乱而保全兖州三城，奇谋扼袁绍于官渡，险出宛、叶而间行轻进，以掩其不意奇袭荆州等诸多建树；政治方面，荀彧为曹操举荐了钟繇、荀攸、陈群、杜袭、戏志才、郭嘉等大量人才。
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