在阁臣以及六部尚书的支持下，孝宗在弘治初年对朝政加以治理的基础上，沿着改良的道路，继续向前迈进，取得了明显成效。但勋戚宦官等为非作歹，仍是一个严重的社会问题，对此孝宗特别予以了注意。弘治三年九月，孝宗下令禁止宗室、勋戚奏请田土，不准接受外人的投献钱财、物品。这是一场几经反复的斗争。勋戚近臣对这项命令，几乎都持反对意见，并在行动上不加收敛，公然蔑视各种规定，他们中的一些人有的在京师之中大开店铺，邀截货商，收受献品，有的还在府中养了大批仆从，任意肆虐百姓。面对这种情况，孝宗再一次下达了关于“禁势家侵夺民利”的命令。弘治九年，孝宗排除阻力，首先对民愤极大的张皇后的两个兄弟开刀。皇后有两个弟弟张鹤龄和张延龄，张氏兄弟仗势骄肆，纵使家奴夺取民田、民宅，指使官吏释放行赂的囚犯，十分霸道。朝中大臣十分愤慨，纷纷上奏，孝宗收到举报后，就派人去调查，结果属实。孝宗毫不客气地严令制裁。
由于宫中一些太监对孝宗有很大的影响，孝宗身上的有些毛病改起来比较困难，尽管与他多年来的勤于政事的长处相比，这都瑕不掩瑜，但毕竟有失明君的形象，况且他也有铸成大错的时候。如他有热衷于斋醮、修炼的缺点。在政务上，孝宗对一些好的措施，也不能完全持之以恒，言而不行和中途动摇的情况，并不少见。在情况最严重的几年当中，孝宗停止了午朝的做法，除了早朝还能坚持，与大臣们几乎不再见面。章奏的批答也不及时，有的竟能滞留数月之久，批示过的也不过问执行的情况。幸好这种情形，到了弘治末年得到了改变。弘治十四年（公元1501年）之后，孝宗接到的劝谏疏奏日益增多，使他越来越清楚地认识到了自己的错误，并且注意了改正。
在孝宗的诸多失误当中，有一条是对皇戚勋爵的不法行为，缺乏一以贯之的打击。他曾经将这个问题看得相当严重，于弘治三年、九年下决心解决，但落到实处的制裁措施不多，其阻力主要来自张皇后。
弘治十八年三月，户部郎中李梦阳上书“指斥弊政”，洋洋数万言。其中指斥张皇后的兄弟张鹤龄尤其严厉，揭发他招纳无赖，渔肉百姓。张鹤龄与皇后母亲金夫人听说后，金夫人天天在孝宗面前哭闹，要将李梦阳下狱。孝宗不得已，照着做了。科道官纷纷上疏营救，金夫人也不放弃攻势，又在孝宗面前哭闹，要求对其加以重刑。孝宗大怒，推案而起。接着刑部来请示处理意见，孝宗毫不犹豫地提笔批示：“梦阳复职，罚俸三月”。过了一些日子，孝宗夜游南宫，张鹤龄入内陪酒，皇后、金夫人也在场。酒至半酣，皇后、金夫人入内更衣，孝宗独召张鹤龄谈话，左右不得闻，但见张鹤龄免冠叩头不止。鹤龄兄弟从此大为收敛。不久，孝宗在一次召见刘大夏时，谈完其他事情，又询问社会上舆论的情况。刘大夏告诉他：“最近放了李梦阳，中外欢呼，交口称赞陛下的圣德。”孝宗对他说：“李的上疏中有‘张氏’两字，有人说这是对皇后的污辱，我没办法才将他下到狱里。刑部的请示一到，我曾经问人如何处置，有的竟说要杖责。我知道这些人的本意是要重责梦阳致死，以快妇人之忿。所以我下令将其释放复职，也不让司法拟罪。”
对皇戚勋爵的打击，在李梦阳获释之后，自然就达到了顶峰。锦衣卫和东厂的侦缉往来探听，据实治罪，颇有声势。那些往日横行不法的权贵，从孝宗的决断行动当中，感到寒光闪闪的利刃正在逼近，纷纷收敛了劣迹。京城中悄悄关闭了若干商栈店铺，被遣散的家奴仆人也纷纷另寻生路。京城一带遂告平安。
孝宗在执掌权力的最后一段时间里，全力以赴整顿朝纲，渴望帝国的振兴。弘治十八年，首辅李东阳奉旨去山东曲阜祭祀孔子，时值大旱，返京的路上，李东阳将所见所闻奏告孝宗，其中多是朝弊造成的不良后果。孝宗接到奏报，流下了痛心的眼泪，他反躬自省，竟夜不能眠。也就与此同时，工部尚书曾钅监为削减宫中的开支，向他进言，裁减尚衣局、军器局、司设监的匠人，他毫不犹豫地就加以批准。此后，他又接到了宫内针工局计划招收大批的裁缝入宫的奏告，就没有同意。孝宗还下令裁减织造数额的三分之一，大大节省了经费开支。
孝宗临死之前，给将要接替自己继续执掌权力的皇太子留下了大笔有形和无形的财富，留下了弘治贤相和能臣，留下了宗社的安定，也留下了殷殷期望。对自己的一生，他自觉问心无愧，惟一放心不下的，是苦心经营出的“弘治之治”的瑞祥气象，还能持续多久？他是多么希望继位的皇太子能将他的政绩发扬光大，使“弘治之治”连续成“弘正之治”。但遗憾的是他的希望落空了。36岁的孝宗死于公元1505年五月，葬泰陵。
第三百四十六章武宗朱
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