秦始皇废除分封制以后，建立了一套自中央到地方的郡县制和官僚制。
初分全国为36郡，以后随着土地的扩大增至46郡，定咸阳为首都。
中央政府最高的官僚是丞相、御史大夫和太尉，亦称“三公”。
地方郡的长官为守，县的长官为令。
郡县制初步打破了血缘关系的宗法制，封建制、官僚制则代替了贵族的世袭制。
为了巩固政权，秦始皇还实行了一系列的政策，主要是：统一货币和度量衡；统一文字；修筑长城、驰道和直道；强迫迁徙六国富民和平民。
秦统一六国以后，为了防止六国贵族依持宗族“死灰复燃”，强迫他们迁徒到咸阳，要他们看护皇陵，或者迁徙于西南边远地区，一些平民也同时被迫迁徙，叫做“迁虏”，做开矿、开盐井等苦役。
始皇帝三十二年（前215年），秦将蒙恬夺九原河南，设置34县，建立九原郡。
统一六国后，商鞅变法时极力反对的各方面的学派、人才都纷纷来到秦国服务，可能秦始皇采用了“秦国特色的商鞅变法”，造成秦帝国各种迷信盛行。
其中黄老道家、阴阳家，他们综合儒、法、道诸家的学说，提出所谓“五德终始说”，尤其得到始皇的信任，始皇于是认为秦是水德，周是火德，水能克火，因此秦得天下。
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