而《资治通鉴》虽被誉为“体例严谨，脉络清晰，网罗宏大，体大思精，史料充实，考证稽详，叙事详明，繁简得宜”，但《资治通鉴》本身也有很多错误：
如对云台二十八将的排列顺序有误；将“特勤”误为“特勒”，《资治通鉴》对此并无纠正，将错就错，《资治通鉴》卷一六四：“土门自号伊利可汗，号其妻为可贺敦，子弟谓之特勒。”
《资治通鉴》卷一：安王五年，“三月，盗杀韩相侠累”。而同为《资治通鉴》卷一，记载周烈王五年：“韩严遂弑哀侯…严遂令人刺韩廆于朝”。
司马光此处将“严遂”、“韩严”二人误当成同一人。
《资治通鉴》记载：“其屯戍四方者，闵皆以书命赵人为将帅者诛之”，而《晋书》则记载：“屯据四方者，所在承闵书诛之”。由于后赵实行部落兵制，其绝大多数军队由胡人组成，各地高级将领也绝大多数是胡人，李农和冉闵则是唯一的例外，而且此时李农冉闵也不在地方上，且不说各地的“赵人为将帅者”根本就不存在，即使存在，他们也根本无法诛杀胡兵，因为军队绝大多数是胡人，他们手中根本就没有用来诛杀胡人的优势兵力，所以《资治通鉴》的记载是无法成立的。
《晋书》载吕光的第一个年号“太安”，而《资治通鉴》记载为“大安”。
舍《史记》的纪传体，未据《纪年》详加考查，只增加齐威王十年，减少齐湣王十年，以求与《孟子》记载齐宣王伐燕的事迹相同，另乐毅伐齐中也有不少错误。
其中的很多内容，是道听途说，如“王莽毒死汉平帝”，这是新莽末年起义者所编造的谣言，被司马光等人当做信史来写，是很不负责任的。
朱熹在《朱子语类》的〈历代一〉中，有直接的批评：“温公不喜权谋，至修书时颇删之，奈当时有此事何？只得与他存在。若每处删去数行，只读著都无血脉意思，何如存之，却别作论说以断之。”又说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》之类多矣。”
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